こんにちは!図脳RAPIDPRO21を使っています。
ファイル>印刷プレビューを確認した場合はいかがでしょうか?
印刷プレビュー上も「0.05㎜で設定した線が0.09㎜で設定した線より太く」なっていますでしょうか?
印刷プレビュー上は「0.05㎜で設定した線が0.09㎜で設定した線より太く」なっていないのであれば、
プリンタ側に何らかの原因があると思われます。
プリンタドライバをインストールし直してみるとか、
もし他のプリンタをお持ちであれば、そちらで印刷してみるとか、試していただくといいと思います。
印刷プレビュー上も「0.05㎜で設定した線が0.09㎜で設定した線より太く」なっているのであれば、
図脳RAPID側に何らかの原因があると思われます。
現象が発生する図面データをもって、サポートセンターへ問い合わせてみてもいいと思います。