印刷レイアウト機能を使うのが良いと思います。
印刷レイアウトに関してはマニュアルに譲りますが、大まかには以下を行うことになります。
・印刷レイアウト一覧コマンド(ファイルメニューにあります)で、「ベーシックレイアウト」を用紙枠外にある各図面の位置に合わせて追加します。
・ファイル出力メニューからPDF形式を選びます。
・ファイルダイアログの後に表示されるダイアログで、「出力対象」を「基本用紙を含む全ての印刷レイアウト」にします。
これで出力すれば、期待どおりになると思います。
順番が違っている場合は、印刷レイアウト一覧コマンドで並び替えてください。
印刷レイアウトは「すべて印刷」でも出てくるので、色々試してみてください。
印刷レイアウトを設定すると、基準画面コマンドで表示される範囲が変わるので、「基本用紙」(設定前の表示です)と表示されたツールバーで切り替えてください。
図面ファイルが古い形式だと、設定した印刷レイアウトが消えてしまうので注意してください。