最近のプリンターは性能が良くなって、非常に細い線でも描画できてしまうので「印刷したけど薄すぎる!」って事はしばしばおきるようになってしまいましたね。
ご指摘のように、CADから直接プリンターに出したとき、一度PDFに出力して改めてプリンターに出したときでは見た感じ違ってますし、
同じPDFでも、AdobeのPDFドライバを使うととても薄くなってしまうデータでも、Windows標準のMicrosoft Print to PDFを使うとかなりましになったり。
CADの設定/プリンタドライバ/プリンタの機種など、複数の要因が絡まりますので、残念ですけど試行錯誤するしかないと思います。
当社ではAdobeのPDFドライバはそういう理由で使わなくなりました。。。