こんにちは!図脳RAPIDPRO22を使っているものです。
ファイル>プリンタ設定コマンドでプリンタとしてPDFドライバを指定して、ファイル>印刷コマンドで出力していらっしゃるということでよろしいでしょうか?
ファイル>ファイル出力>PDF形式コマンドで出力した場合はいかがでしょうか?
「PDF印刷ドライバーはYSS PDF Conberter、CubePDFのどちらでも発生」するとのことなので、いずれにせよ、図脳RAPIDPRO22本体ではなく、PDFドライバ側の何らかの設定と思われます。
CubePDFについてはすみません、わかりません。
YSS PDF Converterの場合は、Windows側のプリンタの画面で、「印刷設定」をクリックすると、「環境設定のプロパティ」が出てきます。
「のプロパティ」ボタンを押すと、既定値の設定画面が出てきますが、そこが「印刷時にダイアログで確認」になっているか確認していただくといいと思います。