No.1
インストールして変更していなければ（RAPIDPRO19の場合）
以下にWRPD19P.inixがあると思います。どうもこれに記録されているようです。
C:\Users\Public\Documents\CADDATA\ENV\WRPD19P
WRPD19P.inixはメモ帳で開きました。
レイヤーグループツリー表示がONの時とOFFの時のテキストを比較ツールでみたところ
LayerViewGroupTreeMode= というところが 0または1 と変更されてました。
該当のWRPD19P.inixをメモ帳で開けて LayerViewGroupTreeMode を検索して
そこを LayerViewGroupTreeMode=1 にして保存してみてはどうでしょうか？
