「環境設定」の「印刷レイヤ/印刷レイアウト」を選択し、先頭にある「レイヤ状態/並び順リストによる印刷レイヤを使用する」にチェックを付けておきます。
(印刷ダイアログにある「印刷レイヤを使用する」と同じものです)
「作図設定」で印刷したくないレイヤを非表示にします。
「現在値」と表示されたコンボボックスの右隣のアイコンをクリックします。
メニューが表示されるので、「印刷用として登録(上書き)」をクリックします。
レイヤの表示状態を元に戻し、「了解」をクリックします。
これで印刷すれば、「表示されているけど印刷しない」が実現できます。